La misión está sentada en el valle de San Miguel y regada por el arroyo de ese nombre. Este lugar, conocido como Ja-Kwátl-Jap, significa Agua Caliente y distaba cien kilómetros de la misión de San Vicente Ferrer.

A este sitio se le conoció como San Juan Bautista y en el recorrido hacia la Alta California, el padre Juan Crespi en 1769 lo reconoció como un lugar ideal para establecer una misión. Este acontecimiento se logró hasta el 12 de marzo de 1787 cuando el Dominico Luis de Sales fundó cerca de un encino la misión de San Miguel Arcángel de la Frontera. El año siguiente cambió su asentamiento original siete kilómetros arriba.

La tercera misión Dominica que se construyó sobre el Camino Real fue la de San Vicente Ferrer, el 27 de agosto de 1780 por los frailes Miguel Hidalgo y Joaquín Valero. Fue establecida en el borde occidental de la cuenca de San Vicente, abundante en agua, tierras y pastizales; el agua proveniente del arroyo San Vicente permitió que esta misión desarrollara una agricultura basada en el cultivo del maíz, trigo, frijoles y cebada (en ocasiones) en aproximadamente 83 hectáreas; se explotó también el ganado vacuno, caprino y ovino.

Las plantas silvestres como el mezcal, jojoba y diversas clases de cactus también fueron aprovechadas.

Desde el momento mismo de su fundación, fue el centro militar y administrativo de las misiones fronterizas, destinado para prevenir ataques de los indios del este que bajaban por el arroyo de San Vicente, así como para proteger a las misiones serranas que se fueran erigiendo. 

Entre los años de 1780 a 1823 cuatro frailes estuvieron a cargo de la misión, y fueron en este orden, respectivamente: Miguel Hidalgo, Joaquín Valero, Luis de Sales y José Estévez.

En 1793 se hizo este cambio porque había mayor abundancia de agua, por la existencia de leña y para estar más cerca de los indígenas.

Entre 1775 y 1797 los religiosos Manuel García, Miguel Hidalgo (breve tiempo ya que estaba asignado a la misión de San Fernando), José Aviar, Miguel Abad y Jaime Covina, sirvieron como ministros residentes.

Fue una misión próspera y en ella se cultivaron la oliva, vid, higos, pera, nopal, trigo, maíz y garbanzos, ayudados por acequias para transportar el agua; asimismo hubo progreso en el ganado, contando una producción de vacas, ovejas, cabras, cerdos, caballos, mulas y burros. Otras fuentes de ingreso de la misión provenían de la venta de sal (de la región de San Quintín) y de pieles de nutrias y focas marinas a ingleses, estadounidenses y rusos que fondeaban en la Bahía de San Quintín.

Llegó a contar con una población de 257 habitantes, diezmándose por epidemias, e iniciándose su declive demográfico en 1796. Dos años después se fundó la visita de San Telmo, como apoyo a la misión de Santo Domingo.

En 1839 fue abandonada, desconociéndose el motivo y fue la segunda misión construida sobre el Camino Real.

Se conservan vestigios importantes de este sitio misional.

En 1802 la misión fue cambiada al lado opuesto del valle (a una distancia de tres kilómetros del Océano Pacífico) por haberse agotado el manantial próximo a la misma. Entre estos dos sitios misionales existieron algunas rancherías, donde la población indígena vivía, además de la propia misión: en Cava, Fiel, Santo Domingo, Macopá, El Socorro, El Rosario, Santo Tomás, San José y Santa Rosa. La mayoría de estos nombres perduran actualmente. El Rosario fue una de las misiones más prósperas y estables de las fundadas por los Dominicos, y el valle donde estuvo ubicada permitió desarrollar la agricultura y ganadería cuyos excedentes sirvieron para aprovisionar a otras misiones, escasas de recursos.

Entre los cultivos destacaron el trigo, maíz, fríjol, higueras y viñedos. La producción ganadera consistió en la explotación del ganado vacuno, caballos, borregos, así como de cabras y cerdos.

En los años de 1775 a 1824 la población osciló entre 200 a 300 habitantes aumentando en algunas ocasiones hasta 500; a partir del último año citado hasta 1860, la población decreció considerablemente hasta contarse solamente dos decenas por año.

Este flujo poblacional fue motivado por epidemias y desastres naturales en la región, ocurridas en los años 1796, 1800, 1805 y 1808. En ambos sitios se encuentran ruinas de esta misión, específicamente ruinas de adobe.

Esta misión está Ubicada al norte de la de Santa María de Los Ángeles. La Expedición de fray Junípero Serra acompañado de fray Miguel de la Campa y Cos, así como del gobernador Gaspar de Portalá, descubrieron un sitio y consideraron era adecuado para fundar una misión ya que su valle resultaba atractivo por lo fértil que se apreciaba y facilitaría así la comunicación entre las misiones de la Alta y Baja California.

Fue así como el 14 de febrero de 1769, el misionero Serra, presidente de los franciscanos en las Californias, fundó la misión de San Fernando Velicatá, que fue la primera y última de esta orden religiosa.

El padre Miguel de la Campa se hizo cargo de la misión, permaneciendo cuatro años en ella y durante este periodo se construyó el edificio y se acondicionó el valle para el cultivo.

Aproximadamente 300 Cochimíes fueron bautizados por Campa y muchos otros recibieron instrucción religiosa durante la ocupación franciscana. Varias epidemias, entre ellas la de viruela negra, abatieron la comunidad diezmándola drásticamente, por lo que la misión se abandonó poco después.

Existen restos importantes de lo que era la misión.

Adac fue un importante asentamiento Cochimí (ubicado en el desierto central de la península) y con manantiales de donde se obtenía el vital líquido. Este paraje ya había sido descubierto por el misionero Jorge Regz en el año de 1758. Cuatro años después, el padre Jesuita Wenceslao Link fundó una misión allí en honor de un antepasado de doña María de Borja, duquesa de Béjar y Gandia, quien otorgó fondos para ello. Por tal razón la misión recibe el nombre de San Francisco de Borja (agregándole Adac por el sitio establecido).

Después de la expulsión de los Jesuitas en 1768, el Franciscano Fermín Francisco Lasuén se hizo cargo de ella hasta el año de 1771. Esta misión funcionó hasta 1818, cuando quedó abandonada por falta de población; pero al igual de la de Santa Gertrudis fue construida de cantera durante la administración Dominica. Sus constructores fueron Juan María Salgado y Antonio Lázaro, y se concluyó en 1801.

Esta misión contó con cinco rancherías: San Juan, San Francisco Regis, Nuestra Señora de Guadalupe, San Ignacio y Longeles; se calculaba su población en 2059 habitantes hacia 1762. En esta región se cultivó el maíz, cebada, trigo, garbanzo y uvas, apoyada por el agua de manantiales.

Quedan importantes restos de la misión como un cementerio, una pila para quema de cal, además del propio edificio.

Este sitio se encuentra en el ejido Nuevo Rosarito, municipio de Ensenada.

Ubicada esta misión en pleno desierto central de la península baja californiana, fue un importante asentamiento indígena Cochimí, por lo que los misioneros Jesuitas encabezados por Fernando Consag, al explorar la región en 1751, seleccionaron dicho sitio para fundarla. En julio del siguiente año el padre Jorge Retz estableció la misión con donativos proporcionados por el Marqués de Villafuerte, en honor de su esposa Doña Gertrudis de la Peña.

Fue administrada por Fray Dionisio Basterra, religioso Franciscano, y posteriormente por los Dominicos Gregorio Amurio y José Espín.

La construcción de piedra que actualmente existe se levantó durante la administración de los Dominicos hacia 1786; de su primera edificación en tiempo de los Jesuitas, sólo quedan cimientos, restos de tres cementerios y tramos de murallas. Hacia 1990 quedaban secciones de canales de riego y objetos de la iglesia como un confesionario, dos relicarios y dos santos del altar.

Durante su vigencia, se desarrolló gracias a pequeñas obras de riego, el cultivo de la vid, frutales y palmas datileras, con las aguas provenientes de un manantial.

Fue abandonada esta misión en 1822 debido a la reducción de su población indígena.

Este sitio misional está dentro del Ejido Independencia, municipio de Ensenada.